Σύμφωνα με προφορικές μαρτυρίες, το εκκλησάκι του Αϊ Νικόλα κτίστηκε ως αφιέρωμα στον ομώνυμο Άγιο από ντόπιους υλοτόμους κατόπιν εκπλήρωσης μιας επιθυμίας τους.
Για τη χρονολογία κτίσεως της δεν έχουμε ακριβή στοιχεία,αλλά εικάζεται ότι κτίστηκε από τα τέλη του 17ου έως τα μέσα του 18ου αι.
Αν και πέρασαν πολλά χρόνια από την κατασκευή της, έχει παραμείνει ανεπηρέαστη από τα νερά τη λίμνης και την φθορά του χρόνου.
Βρίσκεται φωλιασμένη στην Ανατολική πλευρά του νησιού Αϊ Νικόλα, όπου είναι απόκρημνη, απότομη και δυσπρόσιτη.